Σαν σήμερα το 1948 ολοκληρώνεται η σφαγή της Μακρονήσου, 29 Φεβρουαρίου 1948 – 1η Μαρτίου 1948, όταν φαντάροι του τάγματος Σκαπανέων δολοφονήθηκαν μαζικά στη Μακρόνησο ως «επικίνδυνοι κομμουνιστές». Τα περιστατικά ξεκίνησαν όταν ο λόχος Ασφαλείας του στρατοπέδου άνοιξε πυρ κατά των φαντάρων που διαμαρτύρονταν για τη βίαιη συμπεριφορά των Αλφαμητών έναντι των άρρωστων συντρόφων τους. Σύμφωνα με την επίσημη ανακοίνωση του υπουργείου Στρατιωτικών στις 29/2 τα θύματα ήταν 17 νεκροί και 61 τραυματίες. Την επόμενη μέρα, την 1η Μαρτίου 1948, ξεκίνησε νέο πιο φρικιαστικό πογκρόμ επιθέσεων. Δεσμοφύλακες της Μακρονήσου και μια ακταιωρός υπό την καθοδήγηση του στρατοπεδάρχη της Μακρονήσου, ταξίαρχου Μπαϊρακτάρη, ανοίγουν τυφλά πυρ κατά των κρατουμένων, δίχως να υπάρχει ακριβής αριθμός των νεκρών. Έπειτα από αρκετά χρόνια, ο γιατρός του Α’ τάγματος Λ. Γεωργιλάκος, δήλωσε πως ο ίδιος πιστοποίησε το θάνατο 180 σκαπανέων. Οι 180 αυτοί φαντάροι με εντολή της διοίκησης του στρατοπέδου φορτώθηκαν στο αμπάρι ενός καϊκιού. Ο καπετάνιος του καϊκιού Μ. Βονταμίτης, σε μαρτυρία του λίγο πριν πεθάνει, υποστήριξε πως με το καΐκι του μετέφερε 350 νεκρούς, με ξεχωριστά δρομολόγια, όπου η εντολή ήταν να τους μεταφέρει στα ανοιχτά κοντά στο ξερονήσι Σαν Τζιόρτζιο, να βάζουν τους σκοτωμένους φαντάρους μέσα σε συρμάτινα δίχτυα με βαρίδια και να τους πετάνε στη θάλασσα με σκοπό να φτάσουν στο βυθό της. Οι φαντάροι αυτοί ήταν μέλη του ΕΑΜ, της ΕΠΟΝ, του ΚΚΕ.
Η λειτουργία του στρατοπέδου συγκέντρωσης της Μακρονήσου είχε ξεκινήσει στις 19 Φεβρουαρίου 1947. Τους πρώτους 10 μήνες εστάλησαν εκεί περίπου 15.000 οπλίτες και πάνω από 1000 αξιωματικοί του Εθνικού Στρατού ως ύποπτοι για τα πολιτικά τους φρονήματα ή ως μέλη ή συμπαθούντες το ΚΚΕ και τον Δημοκρατικό Στρατό Ελλάδος. Οι φαντάροι – κρατούμενοι έμεναν σε αντίσκηνα, με λιγοστή διατροφή και έλλειψη νερού καθώς και βασανιστήρια για να αποκηρύξουν τις πολιτικές τους απόψεις, το ΚΚΕ, το ΕΑΜ, το κομμουνισμό, τη δράση τους την ίδια. Μετά τη σφαγή αυτή, ακολούθησαν απειλές και ξυλοδαρμοί στους υπόλοιπους με αποτέλεσμα πολλοί να υπογράψουν »δηλώσεις μετάνοιας». Μέχρι σήμερα δεν έχει γνωστοποιηθεί ο ακριβής αριθμός των νεκρών καθώς υπάρχουν πολλές αντιφάσεις στα ίδια τα κρατικά αρχεία. Σύμφωνα με το Γενικό Επιτελείο Στρατού, μέχρι τον Οκτώβριο του 1949,μόνο από τη Μακρόνησο, φυλακίστηκαν, κρατήθηκαν, βασανίστηκαν για να αποκηρύξουν το φρόνημα και τη δράση τους, 27.000 στρατιώτες, 1.100 αξιωματικοί και 30.000 πολίτες.
